Pruntrut ist das regionale Wirtschaftszentrum der Ajoie. Im Laufe des 19. Jahrhunderts entwickelte es sich von der Agrar- zur Industriestadt. Traditionelle Industriezweige sind die Uhrmacherei, die Herstellung von Schuhen und die Textilindustrie. Während des 20. Jahrhunderts kamen die Metallverarbeitung, der Werkzeugmaschinenbau, die Mikrotechnik sowie die Herstellung von Büromöbeln und elektronischen Apparaten hinzu. Zahlreiche weitere Arbeitsplätze gibt es im Dienstleistungssektor, während die Landwirtschaft nur noch geringe Bedeutung hat. Die Erwerbstätigen verteilen sich wie folgt auf die drei Sektoren: 2 % im 1. Sektor, 48 % im 2. Sektor und 50 % im Dienstleistungssektor.

Die Stadt ist Sitz zahlreicher wichtiger Institutionen, nämlich des kantonalen Gerichts, der Kantonsbibliothek, der Kantonalbank des Kantons Jura, des kantonalen Amtes für Denkmalpflege und der Archive des ehemaligen Bistums Basel. Ferner verfügt Pruntrut über ein Regionalspital, das sich westlich der Stadt am Südhang der Tafeljurahochflächen befindet.